Description
Il gioco inizia nell’antico Egitto, con il principe Atem che esce di nascosto dal palazzo per incontrare i suoi amici, Jono e Teana, presso i campi di duello. Mentre sono lì, assistono a una cerimonia eseguita dai maghi, più oscura delle cerimonie che normalmente svolgono. Dopo la cerimonia, Atem duella con uno dei sacerdoti, di nome Seto, e lo sconfigge.
Quando Atem torna al palazzo, viene prontamente mandato a letto da Simon Muran, il suo tutore e consigliere. Mentre Simon si allontana, viene informato da una guardia che l’alto sacerdote Heishin ha invaso il palazzo, usando una strana magia. Muran cerca Heishin. Quando lo trova, Heishin dice a Muran di aver trovato il Potere Oscuro, poi usa il Millennium Rod per colpire Muran. Quando Heishin trova Atem, minaccia di uccidere il re e la regina egiziani se non gli consegna il Millennium Puzzle. Muran appare dietro Heishin e dice ad Atem di distruggere il puzzle. Atem obbedisce, e Muran si sigilla dentro insieme ad Atem, in attesa che qualcuno lo ricomponga.
Cinquemila anni dopo, Yugi Mutou ricompone il puzzle. Parla con Atem nel puzzle, e Atem dà a Yugi sei carte bianche. Non sapendo cosa farne, le porta a un Torneo di Duello. Dopo aver sconfitto uno dei duellanti, una delle carte si riempie di un oggetto del Millennio. Capendo lo scopo delle carte, Yugi completa il torneo e riempie tutte e sei le carte con oggetti del Millennio. Ciò consente ad Atem di tornare nel suo tempo.
Una volta nel suo tempo, Muran racconta ad Atem cosa è successo mentre era sigillato. Heishin e i maghi hanno preso il controllo del regno con gli oggetti del Millennio, e l’unico modo per liberare il regno è recuperare gli oggetti dai maghi che li custodiscono. Dopo aver trasmesso queste informazioni, Muran muore.
Dopo aver raggiunto Jono e Teana, Atem va al palazzo distrutto e lo esplora. Trova Seto, che gli dà una mappa con le posizioni dei maghi e degli oggetti del Millennio, chiedendogli di sconfiggere i maghi.
Dopo che Atem recupera tutti gli oggetti del Millennio tranne uno, Seto lo porta da Heishin, che tiene il Millennium Rod. Atem sconfigge Heishin, ma scopre che Seto ha il Millennium Rod e voleva solo usare Atem per raccogliere gli oggetti in un unico luogo. Atem duella con Seto per gli oggetti e lo sconfigge, ma dopo il duello, Heishin afferra gli oggetti e li usa per evocare il DarkNite. Sperando di usare il DarkNite per distruggere i suoi nemici, non ha l’oggetto per dimostrare la sua autorità e di conseguenza, il DarkNite trasforma Heishin in una carta. Heishin ora trasformato in una carta da gioco, DarkNite ora schernisce Heishin prima di incenerire la carta. Dopo che Atem mostra di avere gli Oggetti del Millennio, DarkNite lo sfida a un duello. Atem lo sconfigge, e si trasforma in Nitemare, che sfida nuovamente Atem. Atem lo sconfigge di nuovo, e Nitemare torna a malincuore da dove è venuto. Atem può quindi salire al trono e guidare il suo popolo in pace.
